Podstawowa opłata organizacji ubiegającej się o rejestrację w systemie EMAS to 1000 zł. Jest ona pomniejszana o współczynnik w zależności od charakteru organizacji i liczby pracowników. Dla organizacji pożytku publicznego, placówek oświatowo-wychowawczych, jednostek sektora finansów publicznych współczynnik wynosi 0,005, w związku z czym wysokość opłaty rejestracyjnej wynosi 5 zł. W przypadku podmiotów gospodarczych współczynnik zależy od ilości pracowników i wynosi odpowiednio:

Wszystkie pozostałe organizacje płacą kwotę podstawową, o ile rejestracja nie dotyczy kilku obiektów stanowiących część jednej organizacji. W takim przypadku opłaty obliczone dla poszczególnych obiektów sumuje się, jednak łączna kwota nie może przekroczyć sumy pięciu pojedynczych opłat podstawowych.